Die Organe der Verbands-Abwasserreinigungsanlage (VARA) sind die Mitbetreiberversammlung, der Vorstand, die Schlichtungsstelle sowie der Kontrollausschuss.

Die Mitbetreiberversammlung setzt sich aus insgesamt 14 Vertreterinnen und Vertretern zusammen. Dabei entsendet der Wasserverband Millstätter See (WVM) sechs Vertreter, die Stadtgemeinde Spittal an der Drau vier Vertreter sowie der Wasserverband Lurnfeld–Reißeck (WV L/R) und der Reinhalteverband Lieser- und Maltatal (RHV L/M) jeweils zwei Vertreter.

Der Vorstand besteht aus insgesamt sieben Mitgliedern und setzt sich aus drei Vertretern des WVM, zwei Vertretern der Stadtgemeinde Spittal an der Drau sowie jeweils einem Vertreter des WV L/R und des RHV L/M zusammen.

Als Konsensinhaber der VARA stellt der WVM den vom WVM-Vorstand gewählten Obmann, der zugleich den Vorsitz im VARA-Vorstand führt.

Die Durchführung der laufenden Geschäfte erfolgt durch den WVM als Konsensinhaber der VARA.